Hasta 1947, la Comandancia Militar de Marina de Santander estuvo situada en el Paseo de Pereda (Zona Puertochico) de esta ciudad.
El edificio que ocupa actualmente se construyó en 1947 sobre terrenos ganados al mar en zona de playa y roca en el interior de la bahía, quedando la Comandancia dentro de la zona portuaria al alcanzar el puerto la configuración actual tras sucesivas ampliaciones de la línea de atraques.
Hasta 1992, la Comandancia gestionó las competencias periféricas de la Dirección General de la Marina Mercante y la Secretaría General de Pesca Marítima.
A partir de esta fecha y tras la creación de las Capitanías Marítimas y la Sección de Pesca de la Dirección Provincial del Ministerio de Agricultura y Pesca, estas competencias fueron transferidas a dichos organismos, asumiendo el Gobierno Autónomo de Cantabria las competencias sobre aguas interiores.
Actualmente, y con la denominación de Comandancia Naval, sigue desempeñando las competencias relativas a hallazgos, además de las exclusivamente militares, destacando entre otras la representación de la Armada en la Comunidad Autónoma, el apoyo a unidades navales basadas o que hacen escala en este puerto o el Control Naval de Tráfico Marítimo.
DIRECCIÒN:
C/ ANTONIO LÓPEZ Nº 1
39009 SANTANDER
«1812. Informe que el capitán de navío D. Joaquín Ibáñez de Corbera, comandante de Marina de la provincia de Santander, dio en 31 de enero, relativo las ventajas que ofrece la construcción naval en esta referida provincia.—Impreso en Santander en nueve hojas en folio.»